ชีวิตบนเว็บ: Foldit

ชีวิตบนเว็บ: Foldit

เว็บไซต์เกี่ยวกับอะไรเช่นเดียวกับโปรแกรม SETI@home ยอดนิยม ซึ่งใช้การหยุดทำงานของคอมพิวเตอร์ที่บ้านเพื่อกรองข้อมูลกล้องโทรทรรศน์วิทยุเพื่อหาหลักฐานของสิ่งมีชีวิตต่างดาวFolditอาศัยชั่วโมงว่างของนักบิดข้อมูลหลายพันคนเพื่อช่วยในการไขปริศนาทางวิทยาศาสตร์ แต่มีการบิด สำหรับการเริ่มต้นFolditเป็นข้อมูลเกี่ยวกับชีวฟิสิกส์ เป้าหมายของโครงการ

คือการทำความเข้าใจ

ว่าโปรตีน ซึ่งเป็นสายโซ่ของกรดอะมิโนที่ขับเคลื่อนกระบวนการภายในเซลล์ของสิ่งมีชีวิต พับตัวเองเป็นรูปร่างต่างๆ มากมายได้อย่างไร แต่ความแตกต่างที่โดดเด่นที่สุดคือ ตัวดำเนินการพับโปรตีนของ Folditนั้นเป็นมนุษย์จริงๆ และชุดข้อมูลที่พวกเขากำลังกลั่นกรองนั้นถูกปลอมแปลง

ให้เป็นเกมคอมพิวเตอร์ที่เล่นแล้วติดได้อย่างน่าทึ่งสัมผัสที่ดี การเล่นเป็นอย่างไร?คำตอบง่ายๆ ก็คือFolditนั้นคล้ายกับ Tetris เพียงแต่มีประโยชน์มากกว่าอย่างไร้ขีดจำกัดและไม่มีเพลงประกอบที่น่ารำคาญ บนหน้าจอ โมเลกุลโปรตีนจะปรากฏเป็นโซ่การ์ตูนสีสันสดใส โดยมีไซด์เชนที่ชอบน้ำ

(ชอบน้ำ) และไม่ชอบน้ำ (ไม่ชอบน้ำ) ห้อยลงมาจากพวกมัน เครื่องมือที่หลากหลายช่วยให้คุณสะกิด บีบ ดึง และเขย่าโปรตีนให้มีรูปแบบที่มีพลังมากขึ้น ยิ่งโปรตีนมีความเสถียรมากเท่าไหร่ คะแนนของคุณก็จะยิ่งเพิ่มขึ้นเท่านั้น หากการกระดิกและปรับแต่งของคุณประสบความสำเร็จในการปรับปรุงโปรตีน 

เกมจะให้รางวัลคุณด้วยข้อความเล็กๆ น้อยๆ ที่ให้กำลังใจ (“พันธะไฮโดรเจนที่ยอดเยี่ยม!”); คุณยังได้รับความพึงพอใจจากการดูโซลูชันของคุณคืบคลานขึ้นกระดานคะแนนเมื่อเทียบกับความพยายามของผู้เล่นรายอื่น ฉันจะเริ่มต้นได้อย่างไรเมื่อคุณดาวน์โหลดเกมจากเว็บไซต์แล้ว 

(เป็นเกมฟรีและมีให้ใช้งานในเวอร์ชั่น Windows และ Mac) ขั้นตอนต่อไปคือการทำงานผ่านชุดบทช่วยสอนที่จะแนะนำคุณเกี่ยวกับฟิสิกส์ของการพับโปรตีน ตัวอย่างเช่น โปรตีนมีแนวโน้มที่จะล้อมรอบด้วยน้ำ ดังนั้นการซ่อน sidechains ที่ไม่ชอบน้ำไว้ภายในส่วนที่เหลือของโมเลกุลจะลดปริมาณพลังงาน

ที่จำเป็น

ในการรักษารูปร่างของโปรตีน บทช่วยสอนยังแนะนำเครื่องมือขั้นสูง เช่น “เขย่าไซด์เชน” ที่ช่วยให้คุณย้ายส่วนต่างๆ ของโมเลกุลได้พร้อมๆ กัน และให้คำแนะนำเล็กน้อยเกี่ยวกับเทคนิคที่ควรลอง เมื่อคุณไขปริศนาเบื้องต้นได้แล้ว คุณสามารถลองปริศนาขั้นสูงขึ้น สร้างกลุ่มเพื่อไขปริศนาด้วยกัน 

แชทกับผู้เล่นคนอื่น ท้าทายพวกเขาให้ดวลกัน และโดยทั่วไปก็พับเก็บไปตามเนื้อหาที่คุณพอใจเรากำลังทำวิทยาศาสตร์ที่นี่จริงหรือ?อืม…ประเภทของโครงการพับโปรตีนด้วยคอมพิวเตอร์ที่นำโดย ได้รับรางวัลในสาขา Biophysics ในเดือนพฤศจิกายน 2551 จากผลงานของเขา 

แต่เมื่อถึงเวลานั้น 

ทีมงานของเขาได้ระบุปัญหาแล้ว: บางครั้ง คอมพิวเตอร์ของ Rosetta@home จมอยู่ใน minima ท้องถิ่น โดยไม่สนใจการกำหนดค่าพลังงานต่ำที่ “ชัดเจน” ในบริเวณใกล้เคียง ในทางตรงกันข้าม มนุษย์นั้นมีชื่อเสียงในการระบุรูปแบบต่างๆ ได้ดี และหลายคนเป็นนักไขปริศนาที่เก่งกาจ 

ดังนั้น Baker จึงนำเพื่อนร่วมงานที่เป็นนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์มาพัฒนาเกมคอมพิวเตอร์เกี่ยวกับการพับโปรตีน โดยว่าจ้างให้ไขปริศนาเหล่านี้กับทุกคนที่มีคอมพิวเตอร์และมีเวลาว่างอย่างมีประสิทธิภาพ ในที่สุดFolditสมาชิกโครงการหวังว่าจะได้ผู้เล่นที่เป็นมนุษย์เพื่อจัดการกับปัญหา

การพับตัวของโปรตีนที่ยังไม่มีวิธีแก้ปัญหา อย่างไรก็ตาม พวกเขายังไม่ได้อยู่ที่นั่น และการวิจัยในปัจจุบันมุ่งเน้นไปที่การค้นหาว่าปัญหาประเภท ใดที่ผู้เล่น Folditสามารถแก้ไขได้อย่างง่ายดาย และประเภทไหนดีกว่ากันสำหรับเครื่อง การพัฒนาใหม่ ๆ ที่ฉันควรระวัง?ปัญหาการพับตัวของโปรตีนใหม่

ปรากฏขึ้นบนเว็บไซต์ทุกๆ 2-3 วัน และในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม ทีมงาน Folditได้เพิ่มจุดพลิกผันที่สำคัญ: ชุดปริศนาที่ช่วยให้ผู้เล่นออกแบบโปรตีนของตนเอง ไม่ใช่แค่ควบคุมสิ่งที่มีอยู่เดิม วิศวกรรมโปรตีนเป็นดินแดนที่ไม่คุ้นเคยสำหรับทั้งมนุษย์และเครื่องจักร 

อาจเกินขีดความสามารถของคำอธิบายที่กระชับที่มีอยู่ก่อนหน้านี้ในการจับภาพ ข้อโต้แย้งนี้และข้อโต้แย้งอื่นๆ ให้หลักฐานที่ชัดเจนสำหรับกรณีที่ต่อต้านลัทธิลดขนาด แต่ฉันคิดว่า ปัญหาใหญ่ข้อเดียวของหนังสือเล่มนี้ไม่ได้อยู่ที่วิทยาศาสตร์ แต่อยู่ที่การให้เหตุผลเกี่ยวกับสิ่งศักดิ์สิทธิ์ 

ข้าพเจ้ารู้สึกยินดีที่คอฟฟ์แมนยินดีที่จะตอบคำถามเกี่ยวกับความหมายและจุดประสงค์ และแนวทางของเขาย่อมดีกว่าการใช้ข้อความหลอกทางวิทยาศาสตร์ตามแนวของ “จุดประสงค์ของชีวิตมนุษย์คือการจำลองยีน” เป้าหมายของเขาถูกต้องและคู่ควร นั่นคือการดึงดูดผู้คนเข้าด้วยกันโดยมีค่านิยมร่วมกัน 

ด้วยมุมมองนี้ หนังสือเล่มนี้จึงโต้แย้งถึงแนวคิดแบบแพน-เทวนิยม ซึ่งคำว่า “พระเจ้า” ถูกนำไปใช้กับความคิดสร้างสรรค์ที่เกิดขึ้นใหม่ซึ่งมีอยู่ในจักรวาลคอฟฟ์แมนยินดีส่งเสริมแนวคิดนี้ แต่เขาควรตระหนักว่าการคิดประเภทนี้มีประวัติศาสตร์ยาวนานมาก และข้อบกพร่องของแนวคิดนี้

ได้รับการพิจารณาอย่างถี่ถ้วนแล้ว ตัวอย่างเช่น มันไม่ได้กล่าวถึงลางสังหรณ์พื้นฐานที่สุดของเราอย่างเพียงพอ เช่น คุณค่าของปัจเจกบุคคลเหนือระบบที่ไม่มีตัวตนขนาดใหญ่ และความต้องการความยุติธรรมหรือการให้อภัย ข้าพเจ้าจะกระตุ้นให้เขาสำรวจความคิดทางศาสนาแทนผู้ที่เต็มใจแสวงหาคำตอบที่นอกเหนือไปจากวัตถุ แต่ให้ความสำคัญกับหลักฐานทางกายภาพอย่างจริงจัง

และทีมงานคิดว่าในสนามที่เปิดกว้างนี้ เกมเมอร์ทั่วไปอาจสามารถมีส่วนร่วมได้อย่างแท้จริง บางทีอาจถึงขั้นออกแบบยาที่มีโปรตีนเป็นส่วนประกอบใหม่ อาจดูเหมือนไม่น่าเป็นไปได้ แต่เป็นข้ออ้างในการเล่นเกมคอมพิวเตอร์ การค้นหาวิธีรักษาเอชไอวีจึงเป็นเรื่องยากที่จะเอาชนะ

Credit : writeoutdoors32.com pandorabraceletcharmsuk.net averysmallsomething.com legendofvandora.net talesofglorybook.com tvalahandmade.com everyuktown.com bestbodyversion.com artedelmundoecuador.com ellenmccormickmartens.com